鉱物は成長中にその鉱物の基本的化学式の一部とは考えられない元素の原子、もしくは原子グループを頻繁に取り入れます。
この不純物元素はそれが置換した原子と化学式に類似することが多くなりますが、それでも時折、結晶格子のゆがみの原因となることがあります。
ダイヤモンド中の不純物で、最も一般的なのは窒素です。
特に一般的なものは窒素で、これはダイヤモンドが光を吸収する方法に影響を与え、多くのダイヤモンドにイエローの色を発生させています。
さらにダイヤモンドの導電性にも影響を与え、結晶の成長する結晶形に影響することもあります。
他にダイヤモンドの微量不純物として頻繁に見られる元素は、アルミニウム、バリウム、硼素、カルシウム、クロム、銅、水素、鉄、マグネシウム、マンガン、珪素、ナトリウムおよびチタン等があります。
硼素はダイヤモンドの色をブルーにして導電性にしますが、他の不純物元素の影響はまだ解明されていません。
成長期間中、原子の不完全な堆積、もしくは成長後の結晶構造の変形によって、結晶格子の一部が他に対してずれたグライディング(すべり)として知られる一種のゆがみが生じることがあります。
このようなゆがみ(格子ゆがみと呼ぶ)は結晶にひずみを生じさせ色にも影響を及ぼすことがあります。
格子ゆがみ、もしくは双晶内の格子方向の変化はグレイニングとして知られる目に見える効果を生じることがあります。
ダイヤモンドに現れるグレイニングには、結晶構造の不規則な性質により、いくつか種類があります。
形成過程において、他の鉱物(もしくは同じ鉱物の場合さえある)の小さい結晶が混入している結晶もあります。
これはダイヤモンド業界のあらゆる業種、研究者、カッター、グレーダー、さらに顧客にクラリティグレーディングを説明せねばならない販売員にとっても非常に重要なインクルージョンとなります。